In Fogpiercer ogni partita inizia con una scelta fondamentale: la composizione del proprio convoglio. Il giocatore seleziona locomotiva, carrozze e conducente, elementi che determinano il mazzo iniziale di carte e definiscono fin da subito lo stile di gioco. Ogni combinazione mette a disposizione abilità differenti, offrendo approcci offensivi, difensivi o maggiormente orientati al controllo del campo di battaglia.
Durante il viaggio sarà possibile raccogliere risorse e rottami per acquistare nuove carrozze, migliorare quelle già installate e ampliare il proprio mazzo con carte sempre più potenti. L'obiettivo è costruire un treno capace di affrontare minacce via via più pericolose, adattandosi a nemici caratterizzati da equipaggiamenti, punti di forza e debolezze differenti.