Questa volta il giocatore non vestirà i panni di un Inkling impegnato nelle classiche Turf War, ma controllerà un nuovo protagonista conosciuto come il Meccanico, un personaggio specializzato nella costruzione e nell'utilizzo di sofisticati gadget tecnologici.
Ad accompagnarlo ci saranno i membri di Deep Cut — Triglia, Petra e Pinnatesta — ormai diventati alcune delle personalità più amate dell'universo di Splatoon.
L'obiettivo sarà esplorare le enigmatiche Isole Spirhalite, un arcipelago ricco di antiche rovine, tecnologie dimenticate e creature ostili, affrontando spedizioni sempre più pericolose alla ricerca di tesori e segreti.